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新疆除擁有優良的牛、馬、羊、駱駝等家畜外，還有近700種脊椎野生動物，其中魚類85種、兩棲類7種、爬行類45種、鳥類425種、獸類(哺乳類)137種約占全國脊椎野生動物種類的11%。珍稀動物有高鼻羚羊、黑鸛、白肩雕等。鳥類、獸類和爬行類動物類分別占中國的35.8%、33%和14.2%。新疆有許多國際瀕危野生動物，如普氏野馬、藏野驢、藏羚羊、雪豹、棕熊、白肩雕、藏雪雞等。也有一些是我國僅分布于新疆的特有動物，如四爪陸龜、新疆北鯢、塔里木兔、新疆大頭魚等。新疆還有無脊椎動物約1.5萬種，以昆蟲類為多，已知的有7000-8000余種。目前，新疆共有國家重點保護動物116種，約占全國保護動物的三分之一，其中列為一級保護的有28種，列為二級保護的88種。
野生植物已查明的有132科、856屬、3569種，其中已證明有經濟和藥用價值的有羅布麻、橡膠草、阿魏、貝母、枸杞、甘草、雪蓮等1000多種，稀有種約100種，列為國家保護的有野蘋果、西伯利亞巨杉、胡楊等20余種。
